Ośrodek Transportu Leśnego w Gorzowie Wielkopolskim jest samodzielną jednostką organizacyjną Lasów Państwowych działającą na podstawie ustawy o lasach. Podlega Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Szczecinie, która prowadzi nadzór i koordynuje działania na swoim terenie.
Dyrektor jednoosobowo kieruje zakładem, ponosi  za niego  odpowiedzialność i reprezentuje go na zewnątrz.  

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów,planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną. Główny księgowy kieruje działem finansowo księgowym.    

Dział Eksploatacji zajmuje się przede wszystkim  organizowaniem i kontrolą realizacji usług transportowych, nadzorem nad racjonalną i planową eksploatacją taboru wywozowego, zrywkowego i administracyjno-gospodarczego oraz  sprawuje nadzór nad sprzedażą paliw w publicznych stacjach paliw w Gorzowie, Skwierzynie i Rzepinie.

Brygada Maszyn Leśnych wykonuje prace związane ze zrywką i pozyskaniem drewna.

Usługi transportowe wykonywane są przez Terenową Brygadę Transportową: Brygada Transportowa Skwierzyna.

Brygada Transportowa świadczy usługi w zakresie transportu drewna, a Brygada Maszyn Leśnych wykonuje prace  w zakresie pozyskania i zrywki drewna maszynami wielofunkcyjnymi. Pracownicy BT wykonują czynności eksploatacyjne i techniczne pod kierunkiem  i według poleceń kierownika brygady.

Dział Techniczny i Zaopatrzenia  zajmuje się sprawami technicznymi oraz zaopatrzeniem i handlem: prognozuje i organizuje pracę Stacji Obsługi Technicznej w Gorzowie i Skwierzynie, nadzoruje obsługi i naprawy pojazdów i środków technicznych, prowadzi gospodarkę taborowo-sprzętową, nadzoruje pracę Stacji Kontroli Pojazdów w Rzepinie, prowadzi remonty i inwestycje budowlane, zaopatruje w części zamienne do naprawianych pojazdów samochodowych oraz prowadzi sprzedaż środków ochrony lasu.
Stacje Obsługi Technicznej odpowiadają za  utrzymanie w stałej gotowości technicznej środków transportowych oraz świadczą usługi  w zakresie napraw samochodów ciężarowych i przyczep, napraw hydrauliki siłowej, przeglądów i konserwacji żurawi przenośnych, prac tokarskich i ślusarskich a także zajmują się wykonywaniem napraw zespołów hydrauliki siłowej.

W Stacji Diagnostycznej w Rzepinie wykonywane są badania techniczne pojazdów o dmc do 3,5 t, motocykli, pojazdów zasilanych gazem, przyczep, pojazdów skierowanych przez Organ Kontroli Ruchu Drogowego lub Starostwo.
 
Dział Finansowo-Księgowy wykonuje  zadania związane z prowadzeniem spraw dotyczących gospodarki księgowej i finansowej OTL. W ramach działu wyodrębnia się: Zespół  ds. Księgowości i Zespół ds. Finansowych. 

Dział Pracowniczo – Administracyjny prowadzi całokształt spraw kadrowych w zakładzie oraz zajmuje się  sprawami związanymi z obsługą administracyjną i gospodarczą zakładu.