Ośrodek Transportu Leśnego w Gorzowie Wielkopolskim jest samodzielną jednostką organizacyjną Lasów Państwowych działającą na podstawie ustawy z dnia 28 września 1991 r. o lasach (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 530 ze zm.). Podlega Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Szczecinie, która prowadzi nadzór i koordynuje działania na swoim terenie.
Dyrektor jednoosobowo kieruje zakładem, ponosi  za niego  odpowiedzialność i reprezentuje go na zewnątrz.  

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów,planowania finansowo-ekonomicznego, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną. Główny księgowy kieruje działem finansowo księgowym.                                                                                                                       

Dział Eksploatacji zajmuje się przede wszystkim  organizowaniem i kontrolą realizacji usług transportowych, nadzorem nad racjonalną i planową eksploatacją taboru wywozowego, zrywkowego i administracyjno-gospodarczego oraz  sprawuje nadzór nad sprzedażą paliw w publicznych stacjach paliw w Gorzowie, Skwierzynie i Rzepinie, pracą Stacji Obsługi Technicznej w Skwierzynie Stacji Kontroli Pojazdów.

Brygada Transportowa wykonuje transport drewna.

Stacja Kontroli Pojzadów w Rzepinie wykonuje  badania techniczne pojazdów  do 3,5 t, motocykli, pojazdów zasilanych gazem, przyczep, pojazdów skierowanych przez Organ Kontroli Ruchu Drogowego lub Starostwo.

Brygada Maszyn Leśnych wykonuje prace związane ze zrywką i pozyskaniem drewna maszynami wielofunkcyjnymi oraz sprawuje nadzór nad pracą Stacji Obsługi Technicznej w Gorzowie Wielkopolskim.

Dział Finansowo-Księgowy wykonuje  zadania związane z prowadzeniem spraw dotyczących gospodarki księgowej i finansowej OTL. W ramach działu wyodrębnia się: Zespół  ds. Księgowości i Zespół ds. Finansowych. 

Dział Organizacyjno – Administracyjny prowadzi sprawy administracyjne, dot. infrasruktury informatycznej, sprawy budowlane, stan posiadania, infrastrukturę w SILP, sprawy ubezpieczeń oraz prowadzi postępowania o udzielenie zamówień publicznych o wartości równej lub przekraczającej 130 000 zł.

Dział Kadr, Płac i Analiz prowadzi całokształt prac pracowniczych, zajmuje się organizacją spraw bytowych oraz szkoleń. Odpowiada za planowanie i sporządzanie analiz w jednostce.